本月的技术干货Q&A分享我们将给大家带来在DS中如何基于两个蛋白序列叠合结果,叠合两个蛋白结构。
以蛋白3L4U和蛋白3L4W为例，首先将两个蛋白放在一个窗口里面，比如可以首先通过菜单-File-Open URL ...，输入3L4U，点击Open，打开3L4U，如下图
然后通过菜单-File-Insert From-URL...，输入3L4W,点击Open
这样就在同一个窗口中打开了这两个蛋白，如果看不到两个蛋白，可以点击右键菜单中的
，然后再次在右键菜单中点击Show Sequence，打开序列窗口，如下图：
然后打开大分子工具栏，点击Superimpose Proteins展开菜单，首先选择在叠合过程中原子坐标不动的那个蛋白，比如下图中1处设为3L4U，然后点击Sequence Alignment(下图中2处)，出现下图中右边的窗口，直接点击Run，运行程序，结束后点击OK。
鼠标左键点击结构窗口名称，切换到结构窗口，然后点击工具面板中的3处的Superimpose，这时就看到两个蛋白结构叠合到一起了，为了方便观察，可以选择把两个蛋白中的结晶水删除。按住CTRL，鼠标左键选择Water，按键盘上的Delete删除即可，背景颜色改为白色后见下图。
