通过Discovery Studio软件设计指导了变构肽配体（Altered peptide ligands，APLs）用于治疗I型糖尿病。
I型糖尿病在人类和非肥胖糖尿病小鼠中均是一种自身免疫系统缺陷的疾病，有研究表明其主要由于CD8+ T细胞介导的β细胞损伤，使之不能正常分泌胰岛素。变构肽配体（Altered peptide ligands，APLs）可以有效抑制抗原-特异性T细胞失效，凋亡或转移。因此开发有效的APLs用于I型糖尿病的治疗很有必要。本文通过分子模拟技术对变构肽配体进行了设计和优化。
文章作者基于已知的变构肽配体与受体的复合物结构，首先通过Discovery Studio突变了复合物结构中的关键氨基酸残基，确定了变构肽的关键改造位置，并设计了8个变构肽配体。然后结合DS_Loop refinement和分子动力学程序Standard Dynamics Cascade对8个变构肽配体的复合物进行了结构模拟和优化，并基于MM-PBSA方法预测了它们与受体之间的结合能，根据预测结果（表1）选择其中四个肽进行了合成和生物活性测试，其中变构肽H6F活性较好。针对H6F进行了后续的试验研究，试验结果表明变构肽配体H6F有希望成为一个治疗I类糖尿病的药物。
