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  • 发表文章时,想引用Discovery Studio,参考文献格式如何?
    推荐如下格式:Ref. Dassault Systèmes BIOVIA, Discovery Studio Modeling Environment, Release 2017 R2, San Diego: Dassault Systèmes, 2017.

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  • 请问DS在加速抗体药物研发过程中可以帮助解决哪些问题?
    DS可以从分子水平模拟抗体分子的各种生物学行为,以抗体结构为起点,解决抗体的理性设计问题,包括抗体人源化、抗体翻译后修饰位点分析、双特异性抗体模建、抗体序列注释与分析、抗体结构预测、抗体构象表位分析、抗体-抗原结合模式分析、抗体亲和力成熟、抗体稳定性设计、抗体聚集效应分析等问题的解决。

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  • 请问最新版Discovery Studio2017 R2都增加了哪些新功能以及功能上的完善?
    新版本的Discovery Studio2017 R2新增了FEP自由能微扰方法,可以精确计算配体-受体的相对结合自由能, 从而在药物设计过程中精确评价比较不同配体分子的活性,进而实现先导化合物的优化。此外,DS2017 R2重点更新了抗体建模功能,不仅可以批量构建全长抗体模型,还可以构建双特异性全长抗体结构模型,而双特异性抗体是目前抗体药物研发的新的技术热点

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  • 请问Dsicovery Studio Client 2017 R2支持32位和64位操作系统吗?
    DS2017 R2客户端有32位的版本,也有64位的版本,并可在创腾科技官网进行免费下载,下载地址:http://www.neotrident.com/service/ziyuan.aspx?ID=171

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  • 请问目前Discovery Studio最新版本是什么版本?
    目前Discovery Studio最新版本为DS 2017 R2版本,于2016年12月由BIOVIA公司正式向全球发布,DS 2017 R2构建于BIOVIA Pipeline Pilot 2017 R2之上并与其相兼容。

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  • DS如何进行scFv不同linker的比较分析?
    首先可通过同源建模的方法将带有linker的scFv结构模建出来,然后通过分子动力学方法对结构进行优化,从而比较分析什么样的linker相对比较合适;DS中可采用CHARMm及NAMD算法来进行分子动力学模拟,并可自动进行动力学结果分析,包括RMSD、RMSF、能量、温度、原子间距离、角度、二面角、相互作用变化分析等。

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  • DS中对抗体结构的改造及优化可以通过哪些方法预测可能的突变位点?
    DS中可通过虚拟氨基酸突变设计同抗原亲和力更高的抗体或稳定性更高的抗体,可以实现抗体亲和力成熟;预测并引入新的二硫键提高抗体的稳定性;预测抗体结构表面易聚集的位点并进行突变优化,从而减少或避免抗体沉聚现象;以及通过分子动力学方法预测突变后结构构象的变化及变化程度来确定可能的突变位点。

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