技术问答      首页技术服务技术问答
  • 声子计算失败,结果文件PhonDisp.castep给出如下报错信息: *ERROR* in PHONON calculation: Prerequisite GEOMETRY OPTIMISATION has not been performed or is not converged to sufficient accuracy. Maximum force |F|max = 1.015 eV/ Å Parameter GEOM_FORCE_TOL = 0.5000E-0
    1)计算失败主要是因为结构优化精度不足以达到计算的要求;建议提高结构优化的收敛标准,如结构优化more选项中能量的收敛标准调整到10-8eV,SCF中SCF tolerance调整到10-9eV。 2)可尝试提交任务前,通过Files-Save Files提前获取输入文件,然后在输入文件.param 中添加GEOM_FORCE_TOL : 0.07 ev/ang关键词,再以Run Files方式提交计算任务。

    点击展开

  • CASTEP计算完能带结构后,如何获取费米能级、价带顶和导带底的具体能量值?
    1)费米能级的获取-可在单点能计算后获取的.castep文件中获取Fermi energy;或者计算能带结构后,在计算文件存储路径中的文件夹找到bandstr.band隐藏文件,从中读取Fermi energy具体值,此时的单位为au。 2)价带顶和导带底的获取-可通过计算能带结构后,在bandstr.castep文件(ms8.0以后的版本,查找bandstr.band隐藏文件)中进行查找。首先通过CASTEP-Analysis-Band structure获取能带结构图bandstr.xcd,在图中确定价带顶和导带低所处K点位置,然后在bandstr.castep文件中找到此K点坐标下对应的能量本征值;然后根据体系中所含价电子数目,计算出价电子填充的轨道数目(价电子数目/2),按照此数目找到的数值即是价带顶的能量值,轨道数目+1即是导带底的能量值。

    点击展开

  • CASTEP模块计算时勾选metal选项后,结果文件.castep中有Final Free Energy即E-TS,T代表的是298.15 K么?熵S的物理意义是什么和声子计算得到的熵有什么区别?紧接着后面的那个E-0.5TS代表什么,能量数值读取时用E、E-TS还是E-0.5TS?
    1)T所代表的具体温度,与所设置的smearing值有关系,1eV大概是11600K,所以默认0.1eV,对应大概1160K; 2)此处的熵,指的是电子的熵,描述的是电子的分布;声子计算得到的是原子核的振动熵,如果是分子,还包括平动和转动; 3)E-0.5TS代表E和E-TS的平均值,取这个值更合适。

    点击展开

  • 发表文章时,想引用Discovery Studio,参考文献格式如何?
    推荐如下格式:Ref. Dassault Systèmes BIOVIA, Discovery Studio Modeling Environment, Release 2017 R2, San Diego: Dassault Systèmes, 2017.

    点击展开

  • 请问DS在加速抗体药物研发过程中可以帮助解决哪些问题?
    DS可以从分子水平模拟抗体分子的各种生物学行为,以抗体结构为起点,解决抗体的理性设计问题,包括抗体人源化、抗体翻译后修饰位点分析、双特异性抗体模建、抗体序列注释与分析、抗体结构预测、抗体构象表位分析、抗体-抗原结合模式分析、抗体亲和力成熟、抗体稳定性设计、抗体聚集效应分析等问题的解决。

    点击展开

  • 请问最新版Discovery Studio2017 R2都增加了哪些新功能以及功能上的完善?
    新版本的Discovery Studio2017 R2新增了FEP自由能微扰方法,可以精确计算配体-受体的相对结合自由能, 从而在药物设计过程中精确评价比较不同配体分子的活性,进而实现先导化合物的优化。此外,DS2017 R2重点更新了抗体建模功能,不仅可以批量构建全长抗体模型,还可以构建双特异性全长抗体结构模型,而双特异性抗体是目前抗体药物研发的新的技术热点

    点击展开

  • 请问Dsicovery Studio Client 2017 R2支持32位和64位操作系统吗?
    DS2017 R2客户端有32位的版本,也有64位的版本,并可在创腾科技官网进行免费下载,下载地址:http://www.neotrident.com/service/ziyuan.aspx?ID=171

    点击展开