药物设计-芽孢杆菌的白藜芦提取物糖基化机制的研究

时间:2015-04-27

同源建模:在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型, 从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。
 

Ref Applied and Environmental Microbiology December 2014 Volume 80 Number 23p. 7235–7243 IF=3.952

链接:http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02076-14
 

      作者首先通过实验发现,芽孢杆菌的白藜芦可以产生多种糖基化衍生物。采用同源建模的方法DS Modeler构建了糖基化受体YjiC的三级结构。之后采用分子对接的方法DS Ligandfit将白藜芦对接到受体YjiC中,采用多种打分函数Ligscore1、Liigscore2、PLP1、PLP2、PMF对结合模型进行打分,通过一致性打分consensus score选择最佳的结合模式。对接结果表明,对于白藜芦和YjiC的结合有两种最优构象,具有两种结合模式。其中一种是head-first模式,白藜芦的3-OH和5-OH靠近N-端,可形成糖基化产物。另外一种是tail-first模式,4-OH靠近N端,可形成另外的一种糖基化产物。因此,这两种结合模式也说明了为什么白藜芦会形成多种糖基化产物的原因。

 

 

 

为什么选择Discovery Studio?
1. Discovery Studio提供一整套同源建模的工具,使用DS,可以轻松完成所有的同源建模过程,包括模板识别、序列比对、自动建模、模型的评估与优化;
2. Discovery Studio中同源建模工具可以预测多种类型生物大分子的结构,包括:球蛋白、抗体、跨膜蛋白等;
3. Discovery Studio中同源建模的核心程序是MODELER,该算法非常经典,目前已发表成百上千的学术文章,学术结果遍布各类杂志,引用率极高;
4. Discovery Studio中分子动力学模拟采用的是经典而强大的CHARMm计算引擎及CHARMm系列力场;
5. Discovery Studio中分子动力学模拟结果可以进行完整便捷的模拟轨迹分析;
6. Discovery Studio中分子动力学模拟可研究对象丰富不单一,如蛋白质、核酸、多糖、多肽、药物小分子以及相应的复合物的模拟;
7. Discovery Studio中分子动力学模拟涵盖领域广泛,如生命、材料等学科。
8. Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。