计算生物学-水稻条纹病毒(RSV)发病机制的研究

时间:2015-01-15

同源建模:在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型,从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。
 

ref:NATURE COMMUNICATIONS | 5:4768 | Published 9 Sep 2014  IF=10.742

链接:http://www.nature.com/ncomms/2014/140909/ncomms5768/full/ncomms5768.html
 

      水稻条纹病毒(RSV)是亚洲栽培稻遭受的最主要病毒性疾病,但目前RSV的发病机制还不是很清楚。本文研究表明,具有抗RSV的等位基因(STV11-R)编码磺基转移酶(OsSOT1),催化水杨酸(SA)转换成水杨酸磺酸盐(SSA)。通过序列分析表明,(STV11-R)和(STV11-S)分属不同地理位置的水稻品种印度水稻和中国水稻。首先作者通过体外实验发现STV11-R编码的OsSOT1可以催化水杨酸(SA)转换成水杨酸磺酸盐(SSA),而STV11-S编码的OsSOT1不能催化水杨酸(SA)转换成水杨酸磺酸盐(SSA)。之后作者采用DS Modeler构建的(STV11-R)和(STV11-S)编码OsSOT1的三维结构,通过结构比对发现,对于OsSOT1的磺酸结合位点有两个氨基酸244、245残基比较重要。而(STV11-S)编码OsSOT1的S214T会影响磺酸和两个氨基酸的相互作用,从而造成结合的不稳定。

 

 

为什么选择Discovery Studio
1. Discovery Studio提供一整套同源建模的工具,使用DS,可以轻松完成所有的同源建模过程,包括模板识别、序列比对、自动建模、模型的评估与优化;
2. Discovery Studio中同源建模工具可以预测多种类型生物大分子的结构,包括:球蛋白、抗体、跨膜蛋白等;
3. Discovery Studio中同源建模的核心程序是MODELER,该算法非常经典,目前已发表成百上千的学术文章,学术结果遍布各类杂志,引用率极高;
4. Discovery Studio中分子动力学模拟采用的是经典而强大的CHARMm计算引擎及CHARMm系列力场;
5. Discovery Studio中分子动力学模拟结果可以进行完整便捷的模拟轨迹分析;
6. Discovery Studio中分子动力学模拟可研究对象丰富不单一,如蛋白质、核酸、多糖、多肽、药物小分子以及相应的复合物的模拟;7. Discovery Studio中分子动力学模拟涵盖领域广泛,如生命、材料等学科。
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