计算生物学-PIP2调控CaM-SK离子通道机制的研究

时间:2014-12-08

分子对接(molecular docking):基于结构的药物设计技术在药物研发中起着非常重要的作用。基于结构的药物设计主要采用的是分子对接技术。分子对接就是把配体分子放在受体活性位点的位置,然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果,能够较好避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。
 
PIP2调控CaM-SK离子通道机制的研究
ref:NATURE CHEMICAL BIOLOGY | vol 10 | september 2014 | , IF=13.217
链接:http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n9/full/nchembio.1592.html
 
本文通过分子对接研究PIP2和CaM-SK2复合物的结合模式,结果表明,结合部位主要为正电性氨基酸,SK2的K402、K405,和CaM的R74和K77。并对结果进行了定点突变的验证,结果与分子对接的结果一致。其后采用分子动力学模拟的方法,研究为什么磷酸化会导致PIP2结合CaM-SK的亲和性下降?动力学的结果表明,磷酸化后的复合物T79D较WT相比,PIP2的头部片段到复合物的距离增加。进一步通过相互作用能的计算表明,PIP2结合CaM-SK2(WT)的相互作用能为-19.20kcal/mol,结合磷酸化的相互作用能为-14.99kcal/mol,说明磷酸后会导致PIP2与CaM-SK2结合变得不稳定。
 
 
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