计算生物学-G-RIG-1与mRNA的3-UTR作用机制的研究

时间:2014-11-04

分子对接(molecular docking):基于结构的药物设计技术在药物研发中起着非常重要的作用。基于结构的药物设计主要采用的是分子对接技术。分子对接就是把配体分子放在受体活性位点的位置,然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果,能够较好避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情况。
 

ref: PNAS | April 16, 2013 | vol. 110 | no. 16 | 6459–6464 IF=9,809

链接:http://www.pnas.org/content/110/16/6459
 

      通过实验发现,RIG-1可以识别3个不同的3-UTR mRNA的串联修饰,通过分子模拟技术,构建了3中不同修饰的RNA的3D结构。然后将3个串联修饰的RNA和对照的RNA去和RIG-1进行分子对接的研究。最后采用分子动力学模拟的方法,对分子对接的结果进行优化和分子。结果表明,3个串联修饰的RNA的结合比对照的RNA的结合RIG-1更加的稳定,而且通过荧光素酶的实验的测活,发现3个串联修饰的RNA结合也要强于对照RNA。



 

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