化学信息学 - 如何针对特殊孔板数据格式自定义生成reader组件

时间:2014-10-23

      本文介绍Pipeline Pilot中实现交互式定制不同格式的孔板数据文件读取组件的功能protocol的特点及使用方式,该功能protocol的名称为“Interactive Creation of Plate Readers”,位于PP的示例protocol目录中。自定义孔板reader的protocol如图1所示,当用户需要定制特殊孔板数据格式的reader时,运行该功能protocol,会生成一个交互式web页面,用户相应的定制操作在页面中完成。

      定制孔板reader的页面由三部分组成:首先,是读取制定孔板数据文件到PP流程中的功能区,通过路径选择的方式确定需要读取的孔板数据文件,点击预览可以采用两种不同的查看方式查看文件中的数据信息。其次,需要用户指定原始数据的处理方法,包括格式化的方式(“Matrix”还是“Flat”方式)和不同格式化方式对应的格式化选项。确定格式化方式以后,点击“Process File”按钮即可按照自定义的格式化方法生成PP的标准孔板DataRecord,并在页面中进行展示。最后一个功能区是对上述自定义操作的过程进行保存,并生成相应的Reader组件到PP平台中,从而方便用户再次读取特殊格式的孔板数据时可以直接调用相应的Reader组件。整个定制过程的操作页面示意图如图2所示。
 

图1 Pipeline Pilot中实现孔板数据格式自定义功能的流程图

图2 定制孔板文件读取组件的操作页面示意图