药物设计-拟南芥HDR催化机制的研究

时间:2014-10-22

分子对接:是基于结构药物设计的核心模拟手段,依据受体与配体作用时的几何匹配和能量匹配过程,模拟受体-配体相互作用,预测两者间最佳的结合模式和结合亲和力。采用分子对接模拟技术,科研人员可以进行基于结构的药物虚拟筛选,药物分子的结构改造,药靶相互作用的机理研究等工作,从而大大提高实验效率。在Discovery Studio这一分子模拟的综合平台中,共有四种对接程序,包含Libdock、LigandFit、CDOCKER、FlexibleDocking,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求,为其提供配体受体间相互识别的“利器”。
 

拟南芥HDR催化机制的研究

ref:Plant Physiology, September 2014, Vol. 166, pp. 57–69, IF=7.394

链接:http://www.plantphysiol.org/content/166/1/57.long
 

      在分子对接的实验中,我们将底物HMBPP对接到E.coil的ISPH和拟南芥的HDR中,通过分子对接研究发现,三个CYS氨基酸---CYS122、CYS213、CYS350对于HMBPP结合是非常重要的三个氨基酸残基,同时通过定点诱变的方式进行了验证。同时通过序列的进化关系的分析,我们发现HDR的N端区域(NCD)是非常保守的区域在蓝细菌、蓝藻、和植物之中。我们进一步发现NCD对于拟南芥的HDR是功能的保守区域,同时发现TYR72对于HDR的功能是非常重要的。


 

为什么选择Discovery Studio
1.  Discovery Studio中共有四种对接程序,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求;
2.  Discovery Studio中有多种对接结果的评价分析手段,包括2D/3D相互作用图分析(可以分析氢键、疏水作用、卤键等多种非键作用类型)、结合口袋表面分析、氢键热图、多种打分函数、结合能的计算等;
3.  Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。