药物设计-KT-18618抑制JAKSTAT通路的机制研究

时间:2014-10-22

分子对接:是基于结构药物设计的核心模拟手段,依据受体与配体作用时的几何匹配和能量匹配过程,模拟受体-配体相互作用,预测两者间最佳的结合模式和结合亲和力。采用分子对接模拟技术,科研人员可以进行基于结构的药物虚拟筛选,药物分子的结构改造,药靶相互作用的机理研究等工作,从而大大提高实验效率。在Discovery Studio这一分子模拟的综合平台中,共有四种对接程序,包含Libdock、LigandFit、CDOCKER、FlexibleDocking,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求,为其提供配体受体间相互识别的“利器”。
 

KT-18618抑制JAK/STAT通路的机制研究

ref:Biochemical Pharmacology 89 (2014) 62–73 ,IF=4.65

链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006295214001324
 

      在本篇文章中,作者报告了KT-18618可能结合JAK3,使用配体结合的JAK3的晶体复合物结构(1YVJ),我们尝试将KT-18618对接到可能的JAK3的结合位点之中,最后发现KT-18618的结合位点并非ATP的结合区域。因为KT-18618没有完全抑制JAK3激酶,因此我们假设KT-18618与KT-18618并非ATP结合位点。通过分子对接发现,两个氨基酸ARG-870和LYS-972两个氨基酸对于结合时非常关键的,其后作者有通过突变来进行验证,发现与模拟结果一致。
 

 

为什么选择Discovery Studio
1.   Discovery Studio中共有四种对接程序,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求;
2.   Discovery Studio中有多种对接结果的评价分析手段,包括2D/3D相互作用图分析(可以分析氢键、疏水作用、卤键等多种非键作用类型)、结合口袋表面分析、氢键热图、多种打分函数、结合能的计算等;
3.   Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。