计算生物学- BPTI对登革热病毒NS2B-NS3蛋白酶抑制模型的研究

时间:2014-10-22

同源建模(Homology Modeling方法在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型, 从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。

 

BPTI对登革热病毒NS2B-NS3蛋白酶抑制模型的研究

(An inhibition model of BPTI to unlinked dengue virus NS2B-NS3 protease

Ref:FEBS Lett. (2014),  IF=3.341

链接:http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2014.05.063

 

      登革病毒( Dengue virus,DENV)属于黄病毒科黄病毒属中的一个血清型亚群,主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊等媒介昆虫传播,引起登革热、登革出血热和登革休克综合征。这些疾病广泛流行于热带和亚热带地区,是一种分布广、发病多、危害较大的人类传染病。一种有效的治疗登革热病毒感染的方法就是抑制NS2B-NS3蛋白酶,该酶在病毒成熟过程中起到非常关键的作用。然而,由于缺乏NS2B-NS3蛋白酶活性构象的结构信息,在一定程度上基于结构的DENV抑制剂的合理设计也受到了阻滞。本文结合共表达系统,获取了NS2B-NS3的活性构象,为闭合性构象。牛胰脏胰蛋白酶抑制剂(BPTI)显示了较强的对该闭合构象蛋白酶的抑制活性。本文基于Discovery Studio 3.1中DS MODELER同源建模技术构建了DENV2 NS2B-NS3p闭合构象的结构模型,并采用结构叠合技术最终获得了BPTI对NS2B-NS3蛋白酶抑制模型。该模型能够很好地支持NMR化学位移扰动数据。
 


 

图一:NS2B-NS3p同BPTI的抑制模型。
 

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