药物设计 - 通过基于配体的筛选方法获得晚期黑色素瘤抑制剂

时间:2014-09-12

通过基于配体的筛选方法获得晚期黑色素瘤抑制剂

Identifying Novel Molecular Structures for Advanced Melanoma by Ligand-Based Virtual Screening

J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1420–1427

文献链接http://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/ci800445a

      黑色素瘤是致死率最高的皮肤癌,且在发达国家中的发病率越来越高。作者发现了一个全新的抗黑色素瘤的高活性化合物——LY-1-100,该化合物的IC50<60nM。为了获得更多的化合物以便进行化合物的构象关系研究,同时也可以进一步获得更多的潜在的活性骨架结构,作者通过基于配体的药物筛选方法,对一个内部的化合物数据库(包含342 910个化合物)进行筛选,获得了一系列对黑色素瘤有活性化合物。

      基于配体的虚拟筛选,作者主要使用Pipeline Pilot的进行化合物的相似性搜索,采用ECFP2, ECFP4, ECFC6,FCFP4和FCFP6等Atom Connectivity-Based描述符。相似性搜索能够快速获得与先导化合物类似的化合物,并可以根据相似性进行排序。作者从中挑选一些化合物进行生物活性测试,其中一些化合物具有较好抗黑色素瘤活性(表1)。
 

图1  Pipeline Pilot在化合物数据库中筛选与先导化合物相似的化合物的流程截图
 

表1 相似性搜索筛选得到的化合物及生物活性测试