化学信息学-AEP9新功能——化合物可合成性评分SAscore

时间:2014-09-12

参考文献:Peter Ertl, Ansgar Schuffenhauer, "Estimation of synthetic accessibility score of drug-like molecules based on molecular complexity and fragment contributions", J. Cheminformatics, 2009, 1:8.

AEP9新功能——化合物可合成性评分SAscore

      药物设计及虚拟筛选过程中常常会得到大量的虚拟化合物。尽管这些化合物具有很高的预测活性,然而要将它们通过化学方法合成成实际的化合物时却经常碰到很多困难,大量的虚拟化合物无法合成或者合成成本很高。这样无疑会给药物设计者与药物合成人员的沟通上增添很多障碍,降低工作效率,同时也容易引起化学合成科研人员的不信任。
      为了提高沟通的效率,药物设计人员在沟通前最好能够对设计的化合物进行初筛,排除那些不容易合成的化合物。然而设计人员在判断化合物合成难易程度上,往往经验不足,很难做出比较准确的判断。为此,非常有必要设计一款能够自动判断化合物的合成难易程度的软件。
      在Pipeline Pilot(Accelrys Enterprise Platform,AEP)9中,新增了Synthetic Accessibility (SAscore)组件,能够快速地判断化合物的可合成性。AEP9中,SAscore的预测速度可以达到每秒几千个化合物(图1)。同时,SAscore保证较好的预测准确度,如作者邀请了9位富有合成经验的化合物,对40个测试化合物的合成难易程度进行打分,然后将这些化学家的打分结果与SAscore进行比较,发现二者具有很强的相关性(图2)。说明SAscore具有较好的预测能力。

图1 :AEP中预测化合物的合成难易程度SAscore(10976个化合物预测试卷为3.34s)

图2 SAscore预测值与9位化学家对化合物的合成难易程度打分平均值的相关性。