药物设计-VEGFR2电化学监控传感器的设计

时间:2014-09-12

分子对接:是基于结构药物设计的核心模拟手段,依据受体与配体作用时的几何匹配和能量匹配过程,模拟受体-配体相互作用,预测两者间最佳的结合模式和结合亲和力。采用分子对接模拟技术,科研人员可以进行基于结构的药物虚拟筛选,药物分子的结构改造,药靶相互作用的机理研究等工作,从而大大提高实验效率。在Discovery Studio这一分子模拟的综合平台中,共有四种对接程序,包含Libdock、LigandFit、CDOCKER、FlexibleDocking,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求,为其提供配体受体间相互识别的“利器”。
 

VEGFR2电化学监控传感器的设计

ref:Scientific Reports,2014.3.5,IF=5.078

链接:http://www.nature.com/srep/2014/140205/srep03982/full/srep03982.html
 

      为了理解为什么不同的抑制剂会引起VEGFR2的表达,我们采用分子对接的方法,将Sorafenib和Vandetanib分别和VEGF2进行分子对接。实验结果表明,Vandetanib发挥效应较Sorafenib要慢,但是会更有效的抑制VEGFR2的表达。通过分子对接模拟表明,Sorafenib有很高的脂溶性,可以快速的跨膜,并且Sorafenib主要靠疏水和氢键与VEGFR2相互作用,所以Sorafenib发挥效应要快。而Vandetanib与VEGFR2的结合自由能为-90.41kj/mol,小于Sorafenib的-62.71kj/mol,所以Vandetanib可以更有效的抑制VEGFR2。
 


 

为什么选择Discovery Studio
1.  Discovery Studio中共有四种对接程序,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求;
2.  Discovery Studio中有多种对接结果的评价分析手段,包括2D/3D相互作用图分析(可以分析氢键、疏水作用、卤键等多种非键作用类型)、结合口袋表面分析、氢键热图、多种打分函数、结合能的计算等;
3.  Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。