抗体工程 -超氧化物歧化酶热稳定性设计

时间:2014-09-15

同源建模:在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型, 从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。

超氧化物歧化酶热稳定性设计

ref:Scientific Reports,2012.4.30,IF=5.078

链接:http://www.nature.com/srep/2014/140205/srep03982/full/srep03982.html
 

      作者首先通过同源建模的方法,得到了SOD的三维结构。然后分别构建7组单点突变的结构,之后采用“Verify 3D Profile”进行结构的验证,然后采用DOPE Score和PDF toal energy评价突变体的稳定性,最后发现突变体C95A的两项得分最低,表明C95A的结构是最稳定的,最后采用实验的手段进行验证,发现稳定性得到了很大的提升。
 

Protein

PDF total Energy

PDF Physical Energy

DOPE Score

WT

6331.73

7675.76

28660.05

C56A 

8405.05 (32.74)

7699.31 (0.31)

28732 (0.25)

C95A 

6285.34 (-0.73)

7636.06 (-0.52)

28413.20 (-0.86)

C145A 

8403.69 (32.72)

7686.26 (0.14)

28660.57 (0.00)

为什么选择Discovery Studio
1. Discovery Studio提供一整套同源建模的工具,使用DS,可以轻松完成所有的同源建模过程,包括模板识别、序列比对、自动建模、模型的评估与优化;
2. Discovery Studio中同源建模工具可以预测多种类型生物大分子的结构,包括:球蛋白、抗体、跨膜蛋白等;
3. Discovery Studio中同源建模的核心程序是MODELER,该算法非常经典,目前已发表成百上千的学术文章,学术结果遍布各类杂志,引用率极高;
4. Discovery Studio中分子动力学模拟采用的是经典而强大的CHARMm计算引擎及CHARMm系列力场;
5. Discovery Studio中分子动力学模拟结果可以进行完整便捷的模拟轨迹分析;
6. Discovery Studio中分子动力学模拟可研究对象丰富不单一,如蛋白质、核酸、多糖、多肽、药物小分子以及相应的复合物的模
7. Discovery Studio中分子动力学模拟涵盖领域广泛,如生命、材料等学科。
8. Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。