化学信息学 - PP中分析片段替换对MMPs(Matched Molecular Pairs)的活性影响情况

时间:2014-08-08

 

PP中分析片段替换对MMPs(Matched Molecular Pairs)的活性影响情况

      首先,读取包含10547个不同抗肿瘤活性化合物的DTAG实验数据集,并以CDK2的抑制活性作为化合物活性评价指标。然后,使用PP中内置的组件“Matched Molecular Pairs”生成化合物的MMPs,该化合物处理过程可以视为将所有输入化合物分子根据用户指定规则生成化合物片段,最后对化合物片段进行整理输出MMPs。最后,将计算的MMPs数据传递给PP中专门的分析组件“Matched Molecular Pairs Activity Effects”,用于分析MMPs数据中隐含的化合物子结构变换对生物活性影响的信息。输出的信息包括:化合物转换频率、引起活性升高的比例、引起活性降低的转换比例、无活性改变的比例以及活性改变的数值等。

      上述化合物数据分析和计算的流程如图1所示,同时,本文还选取不同MMPs出现频率和活性变化种类所占比例,分别采用直方图和饼图组件进行Pipeline Pilot中MMPs部分分析结果的展示,如图2所示。

图1. PP中计算和分析化合物MMPs的工作流示例

 

图2. 不通过MMPs出现频率和化合物生物活性所占比例的统计示意图