药物设计-苦味觉受体(TAS2Rs)激动剂的虚拟筛选

时间:2014-08-08

 

药效团模型(Pharmacophore):是指药物活性分子中对活性起着重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式,可以认为是大量活性化合物共同的成药特征。基于药效团模型,科研人员可以进行快速的药物虚拟筛选工作,寻找结构新颖的活性分子;也可以解释化合物的构效关系,进行化合物的结构优化与改造;此外,还可以进行化合物靶标的识别,实现反向找靶。Discovery Studio中的Catalyst模块,是经典的药效团模型生成、验证及虚拟筛选的工具,可以基于配体、受体以及复合物结构进行定量、定性的药效团模型研究。

苦味觉受体(TAS2Rs)激动剂的虚拟筛选

ref:FASEB, March 2014 ,Vol.28 ,1181-1197  IF=5.704

链接:http://www.fasebj.org/content/28/3/1181.full.pdf+html?sid=40e894fa-7106-42d5-9927-82a573cb82f6

      本文基于BitterDB数据库,采用Discovery Studio中的HioHop的算法,根据已有的苦味觉受体的激动剂,构建了药效团模型。之后采用DS 中的Ligand Pharmacophore Mapping module模块进行模型的验证。最后设置形状的束缚,对数据库再次进行虚拟筛选,最终的到了结构新颖的先导化合物分子。

为什么选择Discovery Studio
1. Discovery Studio可以基于配体结构生成具有活性预测能力的药效团模型并基于多种算法验证药效团的准确性;
2. Discovery Studio也可以基于蛋白结构产生药效团模型,一方面可以通过产生排除体积降低虚拟筛选的假阳性率,另一方面可以突破原有抑制剂结构模式的限制,命中活性更高的化合物;
3. Discovery Studio还可以基于受体-配体复合物结构,从真实的相互作用关系出发生成药效团模型,从而极大的提高药效团模型准确性;
4. Discovery Studio中共有四种对接程序,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求;
5. Discovery Studio中有多种对接结果的评价分析手段,包括2D/3D相互作用图分析、结合口袋表面分析、氢键热图、多种打分函数、结合能的计算等;
6. 算法经典,应用广泛,界面友好,操作简便。