计算生物学- HIV-1病毒感染因子与A3蛋白家族作用机制的研究

时间:2014-08-08

 

同源建模(Homology Modeling方法在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型, 从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。

HIV-1病毒感染因子与A3蛋白家族作用机制的研究

ref: Nature Structural & Molecular Biology , Volume 19, Number 10, October 2012 .IF=11.902

链接: http://www.nature.com/nsmb/journal/v19/n10/full/nsmb.2378.html

      作者通过X-ray晶体衍射技术,获得了A3C蛋白的高分辨率的结构,并且测定了A3C结合HIV-1 Vif的10个重要的氨基酸表位,主要包括一些疏水和负电性氨基酸信息。之后作者采用同源建模的技术,构建了A3F和DE CTDs区的结构。通过结构的比较,作者发现A3C、A3F、A3DE的活性区域相当的保守,并且结合HIV-1 Vif是在同一个保守区域之内。

为什么选择Discovery Studio
1. Discovery Studio提供一整套同源建模的工具,使用DS,可以轻松完成所有的同源建模过程,包括模板识别、序列比对、自动建模、模型的评估与优化;
2. Discovery Studio中同源建模工具可以预测多种类型生物大分子的结构,包括:球蛋白、抗体、跨膜蛋白等;
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