化学信息学- 如何在PP中自定义代谢转换类型并用于ADMET分析

时间:2014-07-09

      首先,在PP中通过“RXN Reader”组件读取代表化学反应类型的RXN格式数据;然后,再读入指定的代谢信息文件并与已读入data record中的化学反应类型相匹配,生成相应的代谢query;最后以标准的SD格式将用户自定义的代谢query信息保存即完成了代谢转换类型的自定义过程。整个工作流程如图1所示,研究人员可以直接查看所生成的SD文件内容。

图1. PP中添加自定义代谢类型的protocol和反应类型的说明

      在自定义代谢转换以后,就可以直接读取该SD文件并用于分析指定化合物数据的代谢产物。这里以Maybridge化合物数据库为例,通过PP组件直接读取该数据库的部分化合物,经过“Enumerate Metabolites”组件对化合物进行代谢反应枚举,枚举的规则正是第一步中生成的SD文件。满足枚举规则即可生成相应的代谢产物,用户可以根据研究需求自定义工作流程对这些代谢产物进行后续分析与研究。

      以上即为PP中如何自定义代谢转换类型,并用于化合物库的代谢产物分析的流程示例。已经购买PP的Chemistry模块的用户可以在example protocol中查看更多详细信息。

图2. PP中基于自定义代谢类型枚举化合物库的代谢产物示例protocol