药物设计-NTCP(钠离子-牛磺胆酸共转运蛋白)新型抑制剂的发现

时间:2014-07-09

 

      药效团模型(Pharmacophore):是指药物活性分子中对活性起着重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式,可以认为是大量活性化合物共同的成药特征。基于药效团模型,科研人员可以进行快速的药物虚拟筛选工作,寻找结构新颖的活性分子;也可以解释化合物的构效关系,进行化合物的结构优化与改造;此外,还可以进行化合物靶标的识别,实现反向找靶。Discovery Studio中的Catalyst模块,是经典的药效团模型生成、验证及虚拟筛选的工具,可以基于配体、受体以及复合物结构进行定量、定性的药效团模型研究。

 

NTCP(钠离子-牛磺胆酸共转运蛋白)新型抑制剂的发现

ref: Mol Pharm. 2013 March 4; 10(3): 1008–1019.IF=4.57

链接: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/mp300453k

 

      作者采用药效团模型和贝叶斯模型进行NTPC抑制剂的虚拟筛选,结果发现31个药物分子作为先导化合物分子,其中27个抑制剂是以前没有报道抑制NTPC活性的化合物。并且其中的几个抑制剂经过测活发现,分别具有抗真菌、抗高血脂、抗高血压等疗效。

 

为什么选择Discovery Studio

1. Discovery Studio可以基于配体结构生成具有活性预测能力的药效团模型并基于多种算法验证药效团的准确性;

2. Discovery Studio也可以基于蛋白结构产生药效团模型,一方面可以通过产生排除体积降低虚拟筛选的假阳性率,另一方面可以突破原有抑制剂结构模式的限制,命中活性更高的化合物;

3. Discovery Studio还可以基于受体-配体复合物结构,从真实的相互作用关系出发生成药效团模型,从而极大的提高药效团模型准确性;

3. Discovery Studio中共有四种对接程序,这四种对接算法各有优势,能够满足广大科研工作者的多种应用需求;

4. Discovery Studio中有多种对接结果的评价分析手段,包括2D/3D相互作用图分析、结合口袋表面分析、氢键热图、多种打分函数、结合能的计算等;

5. 算法经典,应用广泛,界面友好,操作简便。