化学信息学 - 分子优化的自动Idea生成器,居于分子匹配对优化

时间:2014-06-05

分子优化的自动Idea生成器:居于分子匹配对优化

Matched Molecular Pairs as automatic idea generator

文献链接https://community.accelrys.com/message/14347#14347

  

      分子匹配对(MMP)通过分析每两个已知活性分子间的基团差异,并且将二者的变化用化学反应来表示,如 R-Cl-->R-OH,由于二者活性都已知,二者的活性变化可以理解为该反应的反应能。对同一靶点的诸多化合物进行分析,我们可以获取非常多的基团替换反应,而同一替换反应往往会出现多次,通过对每一个反应进行统计分析,我们不难看出每个替换反应对活性变化的优劣。获取的这些信息,将有助于我们进行化合物的结构优化。

      Pipeline Pilot是一个非常强大的化学信息学软件,它不仅能够进行MMP分析,还能够对获取的MMP信息进行数据建模,用于基团替换后的活性预测。更重要的是,Pipeline Pilot能够将MMP获得的众多基团替换反应,自动地将化合物的相关基团替换成为新的基团,从而生成许多新的化合物,辅助药物化学家产生新的Idea。

 

图1 分析Chembl数据库中EGFR的2869个有活性信息的抑制剂的MMP

图2 将MMP分析结果信息用于数据建模

 

图3. 根据MMP的分析结果自动生成新的化合物,584个测试集化合物可以产生228万个化合物

 

图4. MMP预测值与实验值的比较