抗体工程 - 人源化单克隆抗体H27K15结构的构建和表位的表征

时间:2014-06-05

同源建模(Homology Modeling方法在众多蛋白结构预测方法当中使用最为广泛且准确性较高。只要给出目标序列与模板蛋白,利用工业标准的快速同源建模方法,便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型, 从而极大的方便广大生物大分子研究者及药物研发人员快速了解蛋白结构。Discovery Studio中的MODELER模块是经典的同源建模工具,可以自动完成球蛋白、跨膜蛋白和抗体分子的模建,此外还可以模拟蛋白突变。

 

人源化单克隆抗体H27K15结构的构建和表位的表征

ref:mAbs 6:2, 533-546 :March/April 2014 IF=5.275

链接:https://www.landesbioscience.com/journals/mabs/2013MABS0426R.pdf

      作者首先采用同源建模技术,利用H27K15的VH 、VL、VH/VL序列,构建了抗体H27K15的Fv区的三维结构。然后采用分子对接技术,利用ZDOCK、ZRANK、RDOCK来对对接的Pose进行选择和优化。确定对接模式之后,通过ELISA,找到了hCD115中的四组突变可以使其在鼠源中表达,分别为I1A、V8G、K14E、A17E。之后作者通过Calculate Mutation Energy(Binding)模块计算突变效应,通过结合自由能的变化,发现K14E、A17E可以稳定结合,突变能为-0.95kcal/mol和-1.83kcal/mol。最后通过分子对接和实验的验证,确定了这两组突变可以提高其亲和性。

 


 

为什么选择Discovery Studio

  1. Discovery Studio提供一整套同源建模的工具,使用DS,可以轻松完成所有的同源建模过程,包括模板识别、序列比对、自动建模、模型的评估与优化;
  2. Discovery Studio中同源建模工具可以预测多种类型生物大分子的结构,包括:球蛋白、抗体、跨膜蛋白等;
  3. Discovery Studio中同源建模的核心程序是MODELER,该算法非常经典,目前已发表成百上千的学术文章,学术结果遍布各类杂志,引用率极高;
  4. Discovery Studio中分子动力学模拟采用的是经典而强大的CHARMm计算引擎及CHARMm系列力场;
  5. Discovery Studio中分子动力学模拟结果可以进行完整便捷的模拟轨迹分析;
  6. Discovery Studio中分子动力学模拟可研究对象丰富不单一,如蛋白质、核酸、多糖、多肽、药物小分子以及相应的复合物的模拟;
  7. Discovery Studio中分子动力学模拟涵盖领域广泛,如生命、材料等学科。
  8. Discovery Studio应用广泛,操作简便,图形化界面十分友好,结果易于分析。

 

更多案例,请访问:www.neotrident.com